厦门大学历史研究所成立于1978年5月，是教育部批准成立的研究机构。从历史系各教研室分出部分人员，与1960年7月成立的厦门大学历史系中国经济史研究室，共同组建而成，设中国经济史、民族学考古学、东南亚史、台湾史、中央革命根据地史五个研究室。1982年，历史研究所创办《中国社会经济史研究》杂志。

1980年，台湾史研究室并入厦门大学台湾研究所；1984年，民族学考古学研究室并入厦门大学人类学研究所。20世纪80年代，历史研究所在编人员18人，其中教授3名、副教授5名。

 第一任所长傅衣凌教授，历任所长为郑学檬、杨国桢、王日根、张侃，现任所长林枫，副所长水海刚。